Luego fue designado Jefe de Operaciones de las Fuerzas Restauradoras en el Cibao, también fue Gobernador en Santiago, en La Vega, Jefe de las Tropas Restauradoras en el Sur del País y también en el Este. Se distinguió en el combate de Santiago del 6 de septiembre del año 1863, donde la ciudad fue incendiada por los restauradores para obligar a los españoles y anexionistas a retirarse. El General Luperon luchó por la soberanía nacional en las batallas del Sillón de la Viuda, de Arroyo Bermejo, Guanuma, también en los Llanos y en San Pedro de Macorís. En una batalla con los anexionistas resulto herido de tres balazos en la Sabana de la Vigía, lugar este ubicado entre Guerra y Cayacoa. 

En todo el periodo de la anexión, Luperon se enfrento implacablemente a Pedro Santana y participó, en casi todos los frentes incluyendo El Paso del Muerto, en el Río Yabacao. (en este lugar resulto muerto el General Juan Suero (a) El Cid Negro)

Fue Diputado de la República en el año 1874 por Santiago, en el año 1876 durante el gobierno del Liberal Ulises Francisco Espaillat fue Ministro de Guerra.

El General Luperon era un progresista y demócrata miembro del Partido Azul Liberal y fue presidente de la república en el periodo comprendido entre el 7 de octubre del 1879 al 1 de septiembre del 1880. Durante el tiempo que presidió el poder ejecutivo su despacho de  gobierno  funciono en el edificio donde hoy está el Palacio Municipal de Puerto Plata y designó al General Ulises Heureaux como Ministro de Guerra y Marina, con asiento en el palacio presidencial en la capital, asignandole funciones especiales. En este periodo construyó El Puente de la Guinea, El Faro en la puntilla del Malecón de Puerto Plata y le hizo una remodelación al Parque Central y a la Iglesia Católica.