Juan Pablo Duarte fue el ideólogo y mentor de la dominicanidad e incluso cuando no había recursos para continuar impulsando el proyecto, este vendió parte de las propiedades de su familia. En el año 1842 Duarte como otros patriotas que tenían sus planes separatistas, ingresaron al ejército que estaba dirigido por los haitianos, para desde ahí organizar y consolidar la propuesta de independencia. El Ejército Haitiano desde el 6 de enero de 1823 había recibido instrucciones de del Presidente Boyer de reclutar jóvenes nativos de la parte este de la isla. Entre los años 1828 y 1831 Duarte con ayuda de su familia viajo a Europa a interactuar con otras culturas y allí reforzó sus ideales libertarios y democráticos, también recibió mucha información sobre el proceso que la historia conoce como la Revolución Francesa. Ya de vuelta en el país, forma junto a un grupo de amigos la sociedad secreta La Trinitaria, hecho ocurrido el 16 de julio del año 1838, pero rápidamente sus planes fueron descubiertos por las autoridades haitianas, teniendo que exiliarse fuera del país. Durante los hechos de proclamación de independencia el 27 de febrero del año 1844 éste no se encontraba presente por las razones expuestas anteriormente, pero después de los hechos regreso al país y en marzo del año 1844 la Junta Central Gubernativa presidida por Tomas Bobadilla, lo nombra General del Ejército Dominicano.

En septiembre del año 1844, después de siete meses del grito de independencia los destinos del país estaban presididos por la Junta Central Gubernativa, encabezada por el General Pedro Santana e integrada además por Tomas Bobadilla, Manuel Jiménez, Félix Mercenario, Toribio Mañón, J. Tomas Medrano, Norberto Linares, Toribio L. Villanueva y Félix Marcano, quien fungía como secretario, declaró como traidor a la patria a Juan Pablo Duarte, Francisco del Rosario Sánchez, Matías Ramón Mella, Pedro Alejandro Pina, Juan José Illas (poeta venezolano que residía en el país) y otros Trinitarios, específicamente el 22 de agosto de ese año, esto demostraba la lucha de poder que había entre los políticos del momento que se identificaban como conservadores y liberales.

Juan Pablo Duarte, Juan Isidro Pérez, Juan Evangelista Jiménez y el español Gregorio del Valle, corriéndole a la persecución de la junta, se fueron a esconder a Puerto Plata, donde fueron detenidos en Jamao del Norte, en la propiedad de Pedro Eduardo Duboc, el 27 de agosto de 1844, su detención fue efectuada por el Comandante de Armas de Puerto Plata General Pedro Ramón Mena, quien lo condujo en calidad de detenido a la Fortaleza San Felipe de dicha ciudad. A los pocos días fueron trasladados a Santo Domingo en la goleta ¨SEPARACION DOMINICANA¨ capitaneada por el Coronel Juan Bautista Cambiazo. Mientras Duarte estuvo detenido en Puerto Plata el Sr. Duboc quien era un ex Oficial del Ejército Francés que se quedó residiendo en el país, visitaba a Duarte constantemente a la cárcel.

Este conflicto se acrecentó cuando un grupo de ciudadanos se reunió en Santiago y aprobaron una proclama el 9 de julio de ese año, donde pedían que Duarte fuera designado Presidente de la República. Ese grupo de ciudadanos designo una comisión para entregar ese documento a la Junta Central Gubernativa, hecho que se efectuó el 24 de julio de 1844, dicha comisión la encabezaron los Coroneles Domingo Mallol y Juan Luis Franco Bido. La Junta al recibir el documento declaro ¨NO RECONOCEREMOS EL NOMBRAMIENTO DE PRESIDENTE AL GENERAL DUARTE, NI DE NINGUNA OTRA PERSONA, A MENOS QUE NO SEA HECHO POR EL CONGRESO CONSTITUYENTE¨. El General Juan Pablo Duarte y su grupo fueron sacados del país por la fuerza el 10 de septiembre del año 1844.

Durante el periodo de la restauración de la República Dominicana, después de la anexión a España, Duarte se mantuvo firme al lado de los restauradores y en el año 1864 fue enviado a Europa con una función consular, para hacer contacto con amigos extranjeros y recaudar fondos para la consecución de la causa. Después de varios acontecimientos este se quedó a vivir en Venezuela junto a parte de su familia, ya que su madre Manuela Diez había sido obligada a salir del país y allí fundaron una fábrica de vela como medio laboral y de subsistencia. Murió el 15 de julio del año 1876 en Caracas, Venezuela y sus restos fueron traídos al país en el año 1884 (según acta de defunción adjuntada a este trabajo investigativo, el fallecimiento se produjo el 16 de julio de 1876), por instrucciones del Presidente de turno General Ulises Heureaux Level, quien luego mando al congreso una ley declarándolo junto a Matías Ramón Mella y Francisco del Rosario Sánchez como PADRES DE LA PATRIA. Los restos de estos descansan en el Altar de la Patria, sito, en la Puerta del Conde, desde el año 1944, por gestiones ante el congreso hechas por el General Rafael Leónidas Trujillo, Presidente de la República en ese momento.